События Crisis Core: Final Fantasy VII разворачиваются за семь лет до происшествий, описанных в Final Fantasy VII: Dirge of Cerberus. Компания Шинра, обосновавшаяся в городе Мидгар, стремительно набирает силу и власть, простирая свое могущество над всем миром. Однако ее процветание омрачает война в Вутаи, куда регулярно отправляются элитные солдаты

Зак - молодой воин второго класса, стремящийся дослужиться до первого. Его наставник - оперативник первого класса Энджил. Вместе с легендарным бойцом Сефиротом группа отправляется расследовать таинственное исчезновения отряда под предводительством командира первого класса Дженезиса. Какую тайну скрывает армейская элита, и что на самом деле происходит за стенами благополучного мегаполиса, предстоит выяснить вам